法住寺は、はじめ永祚元年（989）に藤原為光が建立しました。為光は寛和元年（985）の6月に亡くなった夫人と、同年7月に亡くなった息女忯子の菩提をとむらう為に御堂を建てました。この忯子は第六十五代花山天皇の后で、僅かに八ヶ月で亡くなったといいます。藤原為光は後に正一位太政大臣となり、法住寺は繁栄しますが長元五年（1032）焼失しました。
かつての法性寺の寺域は、南は八条通りから北は七条通りの北方、東は今熊野観音の旧域を除いた東山の山裾で、西は大和大路にまで及んでいたといいます。
その後、後白河天皇が保元3年（1158）に皇位を二条天皇に譲位し、法住寺の地を院の御所と定め、応保元年（1161）に新造御所へ遷りました。
後白河上皇の住む法住寺殿へは、二条天皇をはじめとして朝覲行幸（天皇の念頭の挨拶）が毎年行われていました。特に皇子の高倉天皇（母は女御の平滋子、のちの建春門院）は頻繁に訪れたといいます。また、高倉天皇の中宮となった徳子（建礼門院、清盛と時子の子）が入内したのもこの御所からでした。
さらに後白河上皇は、平清盛に命じて法住寺殿域内に蓮華王院を造営しました。長寛2年（1164）12月には本堂が落成し供養されています。三十三間堂に安置された一千一体の十一面千手観音像は、法住寺殿内に納められた御堂の像だったのです。
仁安2年（1167）には法住寺殿内の上皇御所の新造も成り、更には新御堂・不動堂も竣工し法住寺はますます興隆しました。
後白河上皇は、嘉応元年（1169）に43歳で受戒、法皇となります。そして後白河法皇は、院御所の六条殿内に長講堂を造営し、阿弥陀三尊像を安置しました。嘉応2年（1170）には東大寺で改めて受戒しています。また治承元年（1177）には、蓮華王院に五重塔が建てられました。
このように後白河上皇と共に隆盛を極めた法住寺殿ですが、寿永2年（1183）、平氏を都から追い落とした木曽義仲が、後白河法皇を襲い焼失してしまいます。
今、法住寺の側には後白河法皇が埋葬された法住寺陵があります。後白河法皇は建久3年（1192）3月16日に66歳で崩御、法住寺の法華堂に葬られました。現在も御陵内には、寺号を刻んだ石の手水鉢が置かれ、法住寺建立当時の「桐の井」の名を伝える井戸も残されています。
